Pendidikan diselenggarakan berdasarkan sistem Satuan Kredit Semester (SKS) sesuai dengan ketentuan Sekolah Tinggi Diakones HKBP yang diselaraskan dengan peraturan/ketentuan pemerintah yang berlaku. Semester adalah satuan waktu terkecil untuk menyatakan lamanya suatu program pendidikan dalam suatu jenjang pendidikan. Dengan pengertian ini, mahasiswa menyelesaikan program satu jenjang lengkap yang dibagi-bagi kedalam program semesteran.
Satu semester setara dengan 16 (enam belas) minggu kerja termasuk evaluasi tengah semester dan akhir semester. Sistem kredit adalah suatu sistem penyelenggaraan program pendidikan yang dinyatakan dalam satu kredit. Satuan kredit Semester disingkat SKS, yaitu takaran atau bobot atau harga terhadap pengalaman belajar yang diperoleh dalam mata kuliah tertentu selama satu semester. Mata kuliah yang berbobot atau berharga satu SKS dalam satu minggu selama satu semester terdapat kegiatan-kegiatan belajar sebagai berikut:
Dalam sistem penyelenggaraan pendidikan: deskripsi, kompetensi, metode dan kegiatan pembelajaran serta alokasi waktu untuk setiap mata kuliah ditetapkan oleh keputusan rapat dewan dosen Sekolah Tinggi Diakones HKBP sebelum pembukaan perkuliahan tiap Tahun Akademik. Beberapa metode pembelajaran dalam mencapai tujuan dilakukan melalui :ceramah, seminar, bimbingan, diskusi, presentasi, konsultasi, observasi, tanya jawab, eksposur dan praktik lapangan. Dalam menekuni tugas akademik tiap mata kuliah, mahasiswa bebas menggunakan perpustakaan, komputer, akses internet, dan laboratorium bahasa. Untuk mempertajam sensitivitas dan ketanggapan sosial, maka mahasiswa wajib mengikuti seminar yang relevan dengan mata kuliah bersangkutan dan masalah-masalah global baik yang disampaikan oleh fasilitator dari dalam maupun luar negeri.