Pada mulanya sekolah ini disebut “Kursus Diakones” setelah berjalan setahun diganti menjadi Pendidikan Diakones dengan lama pendidikan 2 (dua) tahun.Kemudian tahun 1982 menjadi Lembaga Pendidikan Diakones HKBP. Pada tanggal 8 Mei 2013, Lembaga ini menjadi Sekolah Tinggi Diakones HKBP Program Stratum satu (S1) dengan Program Studi Pastoral Konseling sesuai dengan SK KEMENAG RI Dirjen Bimas Kristen No. DJ.III/Kep/HK.00.5/195/2013. Sekolah Tinggi Diakones HKBP telah terakreditasi oleh BAN-PT dengan SK BAN-PT No. 1262/SK/BAN PT/Akred/S/XII/2015
Sekolah Tinggi Diakones HKBP sebagai salah satu perguruan tinggi teologi di Indonesia berkomitmen untuk mewujudkan mutu pendidikan tinggi. Sistem pendidikan di Sekolah Tinggi Diakones HKBP diselenggarakan secara terencana dan memiliki indikator mutu yang terukur dan akuntabel. Pendidikan diselenggarakan berdasarkan sistem Satuan Kredit Semester (SKS) sesuai dengan ketentuan Sekolah Tinggi Diakones HKBP yang diselaraskan dengan peraturan/ketentuan pemerintah yang berlaku. Satu semester setara dengan 16 (enam belas) minggu kerja termasuk evaluasi tengah semester dan akhir semester.
Sekolah Tinggi Diakones HKBP menciptakan suasana akademik yang kondusif dengan memberikan kebebasan kepada sivitas akademika untuk berkreativitas, bereksplorasi dalam menggali potensi dan meningkatkan pengetahuan akademik di bidang teologi, sosial dan kesehatan secara bertanggungjawab dan mandiri. Suasana akademik yang kondusif terwujud dalam Tridharma perguruan tinggi yang meliputi pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Selain itu, Sekolah Tinggi Diakones HKBP juga menyediakan sarana dan prasarana yang mendukung terciptanya suasana akademik yang kondusif. Berbagai kegiatan seminar, ceramah ilmiah, kuliah umum, lokakarya, penelitian, eksposur, observasi, pengabdian masyarakat juga diprogramkan untuk mengoptimalkan hal ini.
Aspek sarana dan prasarana mendapat perhatian khusus dalam peningkatan mutu penyelenggaraan pendidikan di Sekolah Tinggi Diakones HKBP. Keberadaan dan ketersediaan sarana dan prasarana berperan penting dalam mencapai visi, misi, tujuan dan sasarannya. Oleh karena itu, Sekolah Tinggi Diakones HKBP memfasilitasi berbagai sarana dan prasarana diantaranya: ruang kuliah, perpustakaan, laboratorium bahasa, laboratorium bimbingan dan konseling, laboratorium multimedia, ruang diskusi, ruang keterampilan menjahit dan musik, lapangan olahraga, ruang perhimpunan mahasiswa, ruang tata boga. Selain itu, Sekolah Tinggi Diakones HKBP juga memiliki asrama mahasiswa yang nyaman dan bersih dengan berbagai fasilitas yang memadai.
