Dalam menciptakan suasana akademik yang kondusif, efektif dan optimal, STD HKBP memiliki 4 ruang kuliah sebagai tempat untuk menyelenggarakan proses belajar mengajar. Setiap ruang kelas dilengkapi dengan fasilitas laptop, infokus, webcam untuk mendukung untuk mendukung perkuliahan yang berbasis student centre learning dengan pemanfaatan teknologi informasi dan komunikasi.
Aula Sekolah Tinggi Diakones HKBP berukuran 19,5 x 7,13 m2 yang digunakan sebagai tempat penyelenggaraan berbagai kegiatan yang menunjang Tridharma Perguruan Tinggi yaitu pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Kegiatan-kegiatan tersebut berupa seminar, konsultasi, lokakarya, kuliah umum. Juga kegiatan-kegiatan kemahasiswaan seperti lomba pidato, vokal solo dan vokal group, lomba berkotbah dan perlombaan lainnya. Selain itu, aula Sekolah Tinggi Diakones HKBP digunakan dalam perayaan-perayaan besar misalnya ibadah Adven bersama dan perayaan wisuda Sekolah Tinggi Diakones HKBP.
Perpustakaan menjadi salah satu penunjang peningkatan pendidikan/pengajaran di STD HKBP sehingga kuantitas dan kualitas buku serta layanan perpustakaan selalu dikembangkan sehingga dapat memenuhi kebutuhan pembelajaran. Sistem peminjaman di perpustakaan ini adalah terbuka dimana mahasiswa dapat mengambil buku secara langsung ke rak. Selain itu, saat ini perpustakaan STD HKBP sudah menggunakan SLIMS (Senayan Library Management System) sehingga seluruh data buku, proses sirkulasi, pencarian buku dilakukan melalui sistem online.